Cốt truyện 'Yu-Gi-Oh! Duel Monsters' xoay quanh Muto Yugi, một học sinh nhút nhát và hiền lành tại trường Domino. Yugi là cháu nội của Muto Sugoroku, một kiện tướng trò chơi lừng danh, người đã dạy cậu chơi nhiều trò từ nhỏ và tặng cho cậu một bộ xếp hình kỳ diệu. Sau gần bảy năm cố gắng, Yugi không thể hoàn thành bộ ghép hình mang tên Trò chơi Ngàn năm do mảnh chính bị Jonouchi Katsuya chơi xỏ và ném xuống nước. Tuy nhiên, sau khi Yugi bảo vệ Jonouchi khỏi đội trưởng đội kỷ luật, họ đã trở thành bạn bè. Jonouchi đã lặn xuống lấy lại mảnh ghép và trả cho ông của Yugi, từ đó dẫn đến những cuộc phiêu lưu kỳ thú trong thế giới của những trận đấu bài đầy hấp dẫn.
